Uso de las Propiedades Fisicoquímicas de Oligonucleótidos como Biomarcadores

Resumen

Marcadores biológicos
(biomarcadores) son complejos moleculares que pueden estar presentes
en fósiles, procedentes de biomoleculas de los organismos vivos.
Debido a sus características generales son resistentes a la
intemperie, la biodegradación, la evaporación y otros procesos
biológicos, siendo comúnmente conservados en las rocas y pueden ser
utilizados por geólogos, geoquímicos, arqueólogos, etc. para obtener
información sobre la materia orgánica en las rocas fuente, la
presencia de petróleo, las condiciones ambientales durante su
sedimentación (diagénesis), la madurez térmica experimentada por el
petróleo y / o roca (catagénesis), el grado de biodegradación,
algunos aspectos de la mineralogía de la roca fuente (litología), la
edad de los fósiles y en caracterización de DNA (Acido
Desoxirribonucleico). Los biomarcadores pueden ser oligonucleótidos,
que son fragmentos de moléculas de DNA de cadena sencilla de
determinada longitud. El DNA de fósiles puede formar enlaces
cruzados entre si o con otras moléculas al paso del tiempo,
dificultando el uso de técnicas como el PCR para su estudio, por
ello, en el presente trabajo se aplicó a los oligonucleótidos la
técnica de determinación de los valores de pKa (potencial de la
constante de ionización), mediante espectrofotometría de luz
ultravioleta en el intervalo básico de pH, usando como
oligonucleótido modelo el d-AAAGAAA en solución acuosa de NaCl,
titulándolo con solución de NaOH. Lo anterior también se realizo en
presencia de una solución amortiguadora de pH (NaHCO3 ). Además se
determinaron valores de pKa para el mismo compuesto a diferentes
condiciones de temperatura, sales y mezclas de alcohol-agua como
solvente. También se determinaron valores de pKa a los
oligonucleótidos d-CCCGCCC y d-AAGAA. Los valores de pKa obtenidos
varían entre 9 y 12. Estos resultados obtenidos son un aporte al
conocimiento de las propiedades físicas de los oligonucleótidos,
estos datos pueden ser especialmente útiles en el mencionado caso de
dificultad para el uso de otras técnicas como el PCR para la
caracterización e interpretación de los oligonucleótidos como
biomarcadores.